Чтобы слой стал пустым, нужно удалить содержимое слоя.
Выделите нужный слой
Растрируйте выделенный слой, если в нём находится смарт-объект
Нажмите правой кнопкой мыши на сером поле с названием нужного слоя. Выберите пункт меню «Растрировать слой»
Перейдите в меню «Выделение» и нажмите на пункт «Все»
Это действие всегда выделяет ВСЁ содержимое слоя (даже все невидимые глазом погрешности). В рабочей области можно сразу увидеть пунктирную линию, очерчивающую границы документа.
Перед этой операцией слой должен быть выделен на панели слоёв.
Нажмите клавишу DEL или DELETE на клавиатуре
После этого слой очистится и вам останется только снять область выделения.
Снимите область выделения
После клавиатуры кликните левой кнопкой мыши в центр выделенной области. Пунктирная линия исчезнет.